Mystères de Lisbonne nous entraîne dans un tourbillon permanent d'aventures et de mésaventures, de coïncidences et de révélations, de sentiments et de passions violentes, de vengeances, d'amours contrariées et illégitimes dans un voyage mouvementé à travers le Portugal, la France, l'Italie et le Brésil. Dans cette Lisbonne d'intrigues et d'identités cachées, on croise une galerie de personnages qui influent sur le destin de Pedro da Silva,orphelin, interne d'un collège religieux. Le père Dinis, ancien aristocrate libertin devenu justicier; une comtesse rongée par la jalousie et assoiffée de vengeance; un pirate sanguinaire devenu homme d'affaires prospère. Tous traversent l'histoire du XIXe siècle et accompagnent la recherche d'identité de notre personnage.